基因表達(dá)序列標(biāo)簽(ExpressedSequenceTag,EST)是從cDNA文庫(kù)中隨機(jī)挑取單克隆進(jìn)行測(cè)序,所獲得的序列片段,序列長(zhǎng)度一般約為60-500bp。為能較快速地發(fā)現(xiàn)新基因,早在20世紀(jì)80年代,有人曾提出對(duì)cDNA序列進(jìn)行大規(guī)模測(cè)序,但對(duì)此想法一直存在爭(zhēng)論...[繼續(xù)閱讀]

    轉(zhuǎn)錄圖譜是指不同基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物在基因組上的分布位置。由于EST來(lái)源于生物體不同組織或同一組織不同發(fā)育時(shí)期的cDNA文庫(kù),因此,通過(guò)對(duì)EST數(shù)據(jù)進(jìn)行分析整理,可以繪制不同的轉(zhuǎn)錄圖譜。通過(guò)對(duì)這些轉(zhuǎn)錄圖譜的比較,有可能發(fā)現(xiàn)組織間...[繼續(xù)閱讀]

    由于各數(shù)據(jù)庫(kù)中EST的數(shù)目遠(yuǎn)比其他的核苷酸序列多,因而利用EST數(shù)據(jù)庫(kù)搜尋新基因已成為基因識(shí)別的重要手段。通過(guò)在數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)EST序列進(jìn)行比對(duì)(詳見(jiàn)第5章),可以識(shí)別同一物種中基因家族的新成員(paraloggenes),在不同物種間功能相同的...[繼續(xù)閱讀]

    獲得全長(zhǎng)cDNA克隆(full-lengthcDNA)是進(jìn)行基因表達(dá)和功能研究的前提條件。在cDNA文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中許多基因(尤其是大基因)cDNA都缺少5′端的序列信息。因此,通過(guò)隨機(jī)測(cè)序獲得全長(zhǎng)cDNA十分費(fèi)時(shí)耗力。EST數(shù)據(jù)庫(kù)中存在著大量同一基因的EST序...[繼續(xù)閱讀]

    當(dāng)一個(gè)物種的全基因組測(cè)序完成后,首要的工作就是對(duì)其基因組中所包含的全部基因進(jìn)行預(yù)測(cè)。由于不同物種在堿基組成、重復(fù)序列、基因結(jié)構(gòu)等方面存在較大的差異,迄今的基因預(yù)測(cè)軟件不可能對(duì)所有的物種都達(dá)到很高的準(zhǔn)確度。因...[繼續(xù)閱讀]

    單核苷酸多態(tài)性(SingleNucleotidePolymorphism,SNP)是基因組變異量最豐富的一種形式,也是對(duì)復(fù)雜遺傳性狀進(jìn)行定位的重要源泉。同一物種不同個(gè)體、不同組織、不同發(fā)育階段和生理狀況下的EST的數(shù)據(jù)來(lái)源于全世界各實(shí)驗(yàn)室。通過(guò)對(duì)冗余的...[繼續(xù)閱讀]

    基因表達(dá)譜是反映生物個(gè)體在特定器官、組織或某一特定發(fā)育、生理階段細(xì)胞中所有基因表達(dá)水平的圖譜,可用來(lái)比較不同組織或生理狀況下的基因表達(dá)水平差異,發(fā)現(xiàn)與其特定生理功能相關(guān)的基因,通過(guò)表達(dá)聚類(lèi)推測(cè)未知基因功能。...[繼續(xù)閱讀]

    cDNA文庫(kù)構(gòu)建可選擇非標(biāo)準(zhǔn)化或標(biāo)準(zhǔn)化。非標(biāo)準(zhǔn)化cDNA文庫(kù)(unnormalizedcDNAlibrary)是指未對(duì)建庫(kù)所用的組織mRNA進(jìn)行任何預(yù)處理而直接構(gòu)建的cDNA文庫(kù),它反映了組織中所有基因的表達(dá)水平,適于基因表達(dá)譜的構(gòu)建;但由于文庫(kù)中存在高豐度表達(dá)...[繼續(xù)閱讀]

    根據(jù)不同的實(shí)驗(yàn)?zāi)康?可選擇5′端,3′端或兩端測(cè)序:1.3.2.15′端測(cè)序大部分EST計(jì)劃都是選用5′端進(jìn)行測(cè)序的。cDNA的5′端含有編碼區(qū)信息,全長(zhǎng)cDNA還含有5′非翻譯區(qū)的調(diào)控信息。用5′端測(cè)序的EST在尋找新基因或研究基因差異表達(dá)時(shí)能...[繼續(xù)閱讀]

    為了減少EST數(shù)據(jù)中的低質(zhì)量和贗象序列(artifactualsequences),以盡可能避免后續(xù)分析中的錯(cuò)誤。EST序列需作如下前處理:(1)去除測(cè)序反應(yīng)不成功的低質(zhì)量序列。(2)屏蔽不屬于表達(dá)基因的贗象序列,如構(gòu)建文庫(kù)所使用的載體序列、重復(fù)序列和...[繼續(xù)閱讀]